ناصر حجازی در ۳۰ اردیبهشت ۱۳۹۰ در حین تماشای دیدار تیم فوتبال استقلال مقابل پاس همدان در روز آخر لیگ برتر به‌دلیل وخامت حالش به کما رفت[ و در حالی که از بیماری سرطان ریه رنج می‌برد، در تاریخ ۲ خرداد ۱۳۹۰، ساعت ۱۰:۵۵ صبح، در بیمارستان کسری در تهران درگذشت.
ناصر حجازی در طول ۱۸ ماه بیماری هیچ گونه کمک دولتی را قبول نکرد. او دربارهٔ بیماریش و حضور مسئولان دولتی در کنار خود در بیمارستان گفته بود: «خیلی از مسئولان آمدند. من احتیاجی به کمک آن‌ها نداشتم. آن‌ها عددی نیستند که بخواهند به من کمک کنند، در اندازهٔ این حرف‌ها نیستند که بخواهند به ناصر حجازی کمک کنند.»

روحش شاد

خدا رحمتش کنه…

روحش شاد و یادش گرامی باد…

در ۳۱ فروردین سال ۱۳۹۰، ناصر حجازی در مصاحبه‌ای که با پرتال شخصی خود انجام داد ضمن اعتراض به وضعیت اقتصادی موجود در ایران، نسبت به سیاست‌های اقتصادی دولت از جمله هدفمندی یارانه‌ها، شدیداً اعتراض خود را اعلام کرد و شرایط بیماری اش را ناشی از آن دانست همچنین وی در بخشی از این مصاحبه در مورد پرداخت ماهیانه یارانه‌ها به مردم توسط دولت گفت:

دولت می‌گوید چهل هزار تومان در ماه به مردم کمک می‌کنیم، مگر مردم گدا هستند؟ مردم ایران روی گنج خوابیده‌اند، نفت، گاز و... دولت حق ندارد به مردم کمک کند، دولت باید کار کند، خدمت کند و زحمت و دسترنج مردم را دودستی تقدیم آنها نماید. چهل هزار تومان در ماه به مردم می‌دهند و بعد چند برابر آن را از جیب مردم برداشت می‌کنند و سپس ادعای خدمت به مردم دارند. از دید مسئولین خدمت دولت به مردم یعنی کار کردن مردم برای دولت و اینکه مردم کار کنند و پولشان را تقدیم دولت نمایند! برای من گاز می‌آمد چهل هزار تومان و حالا می‌آید یک میلیون تومان. گاز به کشور همسایه با مبلغی به‌مراتب کمتر از آنچه از جیب مردم برداشت می‌کنند، صادر می‌شود. با دیدن این شرایط نباید عصبانی شوم؟ نباید حرص بخورم و شرایط جسمانی‌ام مثل امروز شود.

حجازی در پایان صحبت‌هایش بدون نام بردن از مقام مسئول خاصی در حکومت جمهوری اسلامی ایران گفته بود: یا رب روا مدار که گدا معتبر شود، گر معتبر شود ز خدا بی خبر شود.